O vocábulo “onde” geralmente diz respeito a lugar:

– Eu sei onde você estuda.
– Gosto da casa onde moro.
– Ele foi encontrado onde o mataram.

Se o verbo a que estiver vinculado indicar movimento, o certo é usar “aonde”:

– Eu irei aonde você for.
– Vamos todos aonde eles foram.
– Aonde ele foi nós também iremos.

Recomenda-se usar o vocábulo “onde” sempre que a referência for a um lugar físico – uma casa, uma rua, uma cidade:

 – Vejam onde ele desenha seus quadros!
– Aqui está o lugar onde ele foi sepultado.
– Rio de Janeiro foi a cidade onde executaram Tiradentes.

Fora desses casos, prefira “em que”:

– O século em que ele nasceu. (E não: "O século onde nasceu.")
– O soneto em que homenageou a filha.
 – A tese em que expôs suas idéias libertárias.
–  O romance em que li essa história.

O vocábulo “onde” aparece também nas seguintes locuções:

– Onde quer que: em qualquer lugar onde.
– De onde: de que lugar; do lugar em que.
– De onde a onde: de tempos a tempos; de onde em onde.  
– De onde em onde: de quando em quando; aqui e ali. 
– Por onde: pelo qual lugar; pelo lugar em que.   

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